به سال 1341 ﻫ..ش در یكی از محله‌های جنوب شهر تهران، در خانواده‌ای روحانی متولد شد. پدرش "حاج سید عباس طباطبایی نژاد" و اجداد بزرگوارش از طرف پدر، مرحوم حجت‌الاسلام "حاج میرزا علی طباطبایی" و از طرف مادر، مرحوم حجت‌الاسلام "حاج شیخ علی مهدوی ظفرقندی"، هر دو از علما و فضلای به نام منطقه اردستان و زواره می‌باشند.
دوران رشد و آگاهی
او كه الفبای عشق حسین(ع) و ائمه اطهار(ع) را از كودكی در چنین مدرسه‌ای آموخته بود و ترنم این درس با گوشت و خونش قرین و آمیخته بود، تحصیل علوم را آغاز كرد. سنین نوجوانی او مقارن با اوج فساد در ایران بود؛ ولی تقوا و ترس از گناه و اصالت خانواد‌گی‌اش عواملی بودند كه باعث شد از این پیكار اخلاقی رو سفید بیرون آید. در كنار كوششی كه در فراگیری علم در مدرسه داشت با شركت و عضویت در مجامع تعلیم و تفسیر آن [قرآن كه در حوالی میدان خراسان دایر بود] با مفاهیم این كتاب آسمانی و احادیث ائمه اطهار(ع) و مباحث اعتقادی و فلسفی آشنا شد. هفت یا هشت سال این كلاس‌ها ادامه داشت. او كه از بینش عمیق سیاسی‌ـاعتقادی و قدرت بیان و قلم بالایی برخوردار بود، و به دلیل برخورداری از غنای فكری و فرهنگی، به سهم خود در بسط ارزش‌های اسلامی كوشش می‌كرد.
شهید و پیروزی انقلاب اسلامی
سید باقر در سال آخر دبیرستان با اوج‌گیری نهضت، درس خود را رها كرد و همپای امت اسلامی در صحنه‌های مختلف انقلاب حضور یافت. او كه در این زمان به سن تكلیف رسیده بود، در كنار فعالیت‌های مذهبی و پخش اعلامیه، نوار، عكس و رساله حضرت امام خمینی (قدس سره)، در نبردهای مسلحانه خیابانی شركت می‌كرد و در این راه از هیچ خطر و رنجی نمی‌هراسید.
پدرش نقل می‌نماید: «در سال 1357، نیمه شبی كه سید باقر خسته و كوفته از تظاهرات برگشته و از فرط خستگی تاب نداشت، دراز كشید و همان‌طور خوابش برد. مدتی بعد به آرامی بلند شدم و خواستم زیر سرش بالش بگذارم كه یك مرتبه بلند شد و بالش را به كنار گذاشت. وقتی دلیل آن را پرسیدم گفت: این راهی كه ما آن را شروع كرده‌ایم از این سختی‌ها زیاد دارد، باید از حالا به این چیزها عادت كنیم.» شهید طباطبایی نژاد كه خود را وقف انقلاب اسلامی كرده بود با پیروزی انقلاب و تأسیس كمیته انقلاب اسلامی عضو این نهاد شد. ایشان در كنار كارهای نظامی، كلاس‌های عقیدتی و تفسیر قرآن برگزار می‌كرد. وجود او در بین شیفتگان انقلاب و پاسداران جان بركف، كه برای حفظ و حراست انقلاب شب و روز در تلاش و فعالیت بودند، غنیمتی بود كه علاوه‌بر بعد نظامی، باعث ترویج معنویات و اشاعه روحیه برادری محبت و صفا و صمیمیت می‌شد.
حرکت به سوی كردستان
با صدای اولین گلوله‌های دشمن بعثی، كه سكوت مرزها را درهم شكست و ضد انقلاب كوردل جدی‌تر از همیشه در خاك مقدس كردستان ندای هل من مبارز سر می‌داد، آن بزرگوار (كه یك ماه پیش از این حادثه به عضویت سپاه درآمده بود) پس از گذشت یك هفته از جنگ تحمیلی، همراه با عده‌ای از دلاورمردان سپاه عازم كردستان شدند تا به وظیفه خود عمل نموده و كردستان مظلوم را از لوث وجود این یاغیان پلید پاك سازند.
به راستی قلم و زبان از بیان ایثارها و مبارزات ایشان ناتوان است. سزاوار است تا صخره‌های هولناك، دره‌های مرگبار كردستان و ارتفاعات سر به فلك كشیده و صعب‌العبور غرب زبان گشوده، روایت شیرین سردار سرفراز و همرزمان دیگرش را نقل نمایند و سرود حماسه‌ها و ایثارشان را بسرایند.
ایشان در مدت هشت سال مبارزه خستگی‌ناپذیر در محورهای غرب كشور با مسئولیت‌های متفاوت مانند مسئولیت‌پرسنلی ستاد غرب، فرماندهی سپاه سقز، فرماندهی سپاه باختران، فرماندهی سپاه پاوه و فرماندهی قرارگاه نصر رمضان، به دفاع از آرمان‌های والای جمهوری اسلامی ایران پرداخت.
ویژگی‌های اخلاقی
شهید طباطبایی نژاد تواضع و فروتنی خاصی در كنار اخلاص و ایثار داشت. شهامت و شجاعت، به‌كار بستن عقل سلیم، تجارب به‌دست آورده در انجام امور، علاقه شدید همسنگران و همرزمانش به ایشان و برخورد خوب و مردم‌داری او باعث شده بود كه مردم منطقه نیز شیفه و شیدای او شوند. چیزی كه آن شهید بزرگوار را به كارش دلگرم و علاقمند كرده بود عشق و ایمانی بود كه نسبت به كار در كردستان داشت. همیشه از مظلومیت افراد و فقر فرهنگی كه به آنان روا داشته‌اند، سخن می‌گفت و بر احوال ایشان خون‌دل می‌خورد. هنوز خاطره زیبای آن تبسم‌های شیرین و دلنشین كه نشان از قلب رئوف و مهربانش داشت در اذهان همكاران و آشنایان باقی است.
او با قرآن مأنوس بود و علاقه فراوانی به مطالعه كتاب‌های اعتقادی به‌ویژه نهج‌البلاغه داشت و در گفتار و كردارش از احادیث و آیات بسیار بهره می‌برد.
التزام عملی و تقید او به احكام اسلام باعث شده بود كه كلامش بر دل‌ها بنشیند و در نصایح خود ارزش‌های متعالی اسلام را گوشزد كند. او با احساس تعهد و مسئولیتی كه داشت در جهت خالص كردن نیت‌ها برای خدا و تبعیت از حضرت امام(قدس سره) و ولایت‌فقیه و دوری از مظاهر فریبنده دنیوی، برادران پاسدار را سفارش می‌كرد.
دائماً به نیروها تأكید و توصیه داشت كه آموزش نظامی را خوب بیاموزند، زیرا كه جنگ ما با دشمنان اسلام هر روز پیچیده‌تر می‌شود. بنابراین تقویت بنیه دفاعی كشور اسلامی برای پاسداری از ارزش‌های انقلاب را عاملی مهم می‌دانست.
او كلامی شیرین داشت. دیده یا شنیده نشد كه كسی را برنجاند و بیازارد. هرگز دیده نشد كه غیبت كند یا دروغ بگوید و یا حرف لغوی بزند.
شهید طباطبایی نژاد عشق و علاقه عجیبی به حضرت امام داشت و برای روحانیت احترام ویژه‌ای قائل بود. با وجود این‌كه مقداری از دروس طلبگی را خوانده بود به‌خاطر نیاز سپاه به نیروهای متعهد و مخلص ناچار موفق به ادامه تحصیل علوم حوزوی نشد. لذا وصیت اكید نمود كه پسر بزرگش آرزوی او را جامه عمل پوشانده و به لباس مقدس روحانیت درآید.
او در طول مسئولیت‌هایش همواره بر حفظ بیت‌المال، كه حاصل تلاش این ملت محروم و ایثارگر فراهم می‌گردید، تأكید داشت و در هر فرصتی همكاران را به پرهیز از تجملات و تشریفات توصیه می‌كرد و به مسئولین نیز وصیت داشت كه عهدنامه مالك اشتر را دقیقاً مورد مطالعه قرار داده و به كار بندند.
از روحیه شجاعت و شهامت بالایی برخوردار بود. در بیان حق زمان و مكان را نمی‌شناخت و خیلی صریح وقاطع برخورد می‌كرد.
تشرف به خانه خدا
در سال 1361، كه جهت زیارت خانه خدا به مكه مشرف شده بود، با وجود برخورد شدید رژیم منحوس آل‌سعود با راهپیمایی‌ها و تظاهرات، اكثر شب‌ها تا صبح بر روی دیوار و كف خیابان‌ها شعارهای انقلابی ضد آمریكایی می‌نوشت. نقل می‌كنند: «او تمثال بزرگی از حضرت امام خمینی(قدس سره) بالای ساختمانی كه كاروان آن‌ها در آنجا اسكان داشتن، نصب كرده بود. تعدادی از عوامل مزدور و رژیم سعودی سرزده وارد ساختمان شدند. افسر سعودی در حین عبور، چنگ انداخت و پوستری از حضرت امام خمینی را از روی دیوار كند. آن بزرگوار بی‌درنگ عكس را از مشت او درآورد و یقه‌اش را گرفت و او را وادار كرد كه عكس را چندبار ببوسد.»
نحوه شهادت
سید باقر با وجد آن همه مجاهدات خالصانه و مستمر دلش در عالم دیگری بود و ناراحت از این‌كه چرا پس از هشت سال حضور در صحنه‌های ایثار و شهادت و مصاحبت با ابرار هنوز در این دنیای خاكی باقی و به فیض شهادت نایل نیامده است؛ لذا با ابتهال و تضرع به آستان ربوبی طالب شهادت بود، تا این‌كه لطف حق شامل حالش شد و در پنجم مرداد 1367 درحالی‌كه عازم عمق خاك عراق بود، با عده‌ای دیگر از همرزمانش در كمین بعثیان ملحد گرفتار و پس از نبردی سخت به درجه رفیع شهادت نایل آمد و در جوار حق مأوا گزید.
قسمتی از وصیتنامه شهید طباطبایی نژاد
لحظه‌ای غفلت نكنید كه دشمنان اسلام در كمینند. به تبعیت از فرمان امام در صحنه بوده و همیشه تابع و مطیع فرمان ولایت‌فقیه باشید تا از لغزش‌ها و ضربات و لطمات مصون بمانید.
و ای بر ما! اگر این نعمت الهی (جمهوری اسلامی) را شكرگزار نبوده و لیاقت استقرار حكومت جهانی اسلام را نیابیم. شما در برابر خون پرجوش و خروش شهیدان مدیون و مسئولید. وای بر ما! چگونه می‌خواهیم فردای قیامت در جلو رسول خدا حاضر شویم.
بكوشید قلم و قدم و تلاش و كلام و همه اعمالمان در جهت رضای خدا و استحكام جمهوری اسلامی و پیشرفت انقلاب اسلامی باشد.